Göztepe'ye 2018-2019 sezonunda sol bek Traore'ye alternatif olarak transfer edilen Berkan, yedek kalması beklenirken kadronun vazgeçilmezi oldu. O sezon devre arasında Agbenyenu da alınmasına rağmen yabancı futbolculara formayı bırakmayan Berkan, 19'u ilk 11'de 23 maçta oynadı. 2019-2020 sezonunda Leo Schwechlen'in önünde tamamı ilk 11'de 30, geçen sezon Burekovic de kadroya dahil edilmesine rağmen yine 11'de 33 maçta oynayan Berkan, attığı jeneriklik gollerle birçok maçta takımını sırtladı.
Performansıyla o dönem A Milli Takım Teknik Direktörü Şenol Güneş'in de dikkatini çeken 31 yaşındaki futbolcu, bu yıl ise yine takımın asları arasında olmasına rağmen yaptığı hatalarla saç baş yoldurdu. Oynanan ilk 8 maça 11'de başlayan futbolcu, özellikle Yeni Malatyaspor ve son hafta Giresunspor maçındaki hatalarının ardından tepki çekti. Giresunspor önünde penaltıya neden olan geri pası rakibe attıktan sonra yuhalanan Berkan, demoralize olunca oyundan çıkarıldı. Milli arada yara sarmaya çalışacak Göztepe'de taraftarların sosyal medyadaki tepkileri sürerken takımla şu an için radikal karar alınmayacağı öğrenildi.